Órgano auxiliar y de apoyo a la gestión que realiza la Junta Rectora del CONAPAM. Es parte integral del Sistema de Control Interno, cuyas actividades se orientan a la revisión y evaluación de las operaciones financieras, contables, administrativas y de otra índole, a fin de determinar que los recursos institucionales se utilicen con eficacia, eficiencia y economía, para lo que requiere de la aplicación de métodos y técnicas de investigación y de elaboración de informes de auditoría, así como de la aplicación de las normas técnicas emitidas por la Contraloría General de la República, lo cual permite la formulación de recomendaciones correctivas y/o preventivas de los procedimientos, trámites e instrumentos, en protección del Erario y bienes del Estado, así como de los intereses del cliente o usuario del servicio público que presta la Institución a través de los programas financiados con recursos de la Ley 7972, Ley de creación de cargas tributarias sobre licores, cervezas y cigarrillos, y de la Ley 8783, Reforma de la Ley de Desarrollo Social y Asignaciones Familiares, N.º 5662; ambas reformadas por la Ley 9188, Ley de Fortalecimiento del CONAPAM.

Parte de los servicios de la Dirección de Auditoría Interna, es la recepción y atención de denuncias, mediante las cuales se da a conocer cualquier situación que atente contra los derechos individuales y colectivos de la población adulta mayor en cualquier parte del territorio Costarricense, a la luz de la Ley 7935: LEY INTEGRAL PARA LA PERSONA ADULTA MAYOR; además, por medio de las denuncias se pone en conocimiento de esta Dirección, un hecho que se presume irregular con respecto al manejo de los recursos públicos otorgados a las Organizaciones de Bienestar Social que atienden a la población Adulta Mayor, con el objetivo de que sea investigado; para ello se guarda TOTAL DISCRECIONALIDAD Y PROTECCIÓN DE LA FUENTE DE INFORMACIÓN.